Estudió en la Universidad de Tel Aviv, donde obtuvo la licenciatura y el Master en Historia y Literatura Hebrea, y realizó un doctorado en Historia en la Universidad de Oxford.
Enseñó en el departamento de Historia de la Universidad de Tel Aviv y dirigió la Escuela de post-grado de Historia de dicha universidad entre 1982 y 1986. En 1986 obtuvo la cátedra Elías Sourasky de estudios Hispánicos y Latinoamericanos. De 1980 a 1982 fue profesor visitante en St. Antony’s College en Oxford y en 1992, en The Woodrow Wilson International Center for Scholars, Washington.
Fue nombrado primer Embajador de Israel ante España de 1987 a 1991. Formó parte de la delegación israelí en la Conferencia Internacional de Paz de Madrid, en 1991. Encabezó la delegación israelí en las conversaciones multilaterales sobre refugiados en Oriente Próximo que tuvieron lugar en Ottawa, Canadá.
En 1993 el profesor Ben-Ami creó el Curiel Center for International Studies en la Universidad de Tel Aviv, que dirigió hasta 1996, año en que se convirtió en diputado del Parlamento de Israel, participando especialmente en los comités de Asuntos Exteriores y de Defensa.
En 1999, al llegar al poder el partido laborista encabezado por Ehud Barak, Ben-Ami fue designado ministro de Seguridad Pública. Un año después Ben-Ami pasó a desempeñar el cargo de Ministro de Asuntos Exteriores; dirigió entonces las negociaciones secretas con Abu Alá en Estocolmo, (conocidas como El canal sueco). Participó junto con el Primer Ministro Barak en la cumbre de Camp David, tras la cual dirigió al equipo israelí en las distintas negociaciones que se llevaron a cabo con los palestinos, incluyendo Taba.
Slomo Ben-Ami ha sido miembro del Patronato de International Crisis Group del que es, en la actualidad, senior advisor. Asimismo, ha sido miembro del Patronato de la Comisión Australo-Japonesa sobre No Proliferación Nuclear y Desarme. Esta Comisión presentó sus conclusiones en la última reunión del Tratado de No-Proliferación (NPT).
Shlomo Ben-Ami es hoy Vicepresidente del Centro Internacional de Toledo para la Paz (CITpax).