Rafael Fernández de Castro es profesor, titular de la Cátedra de Estudios México-Estados Unidos Aaron Feldman Family Chancellor's Endowed Chair en memoria de David Feldman, y director del Centro de Estudios México-Estados Unidos (USMEX) de la escuela. Ex asesor de política exterior del presidente Felipe Calderón, es experto en relaciones bilaterales entre México y Estados Unidos.
Fernández de Castro es fundador y ex presidente del Departamento de Estudios Internacionales del Instituto Tecnológico Autónomo de México (ITAM) en Ciudad de México. Ha publicado numerosos artículos académicos y escrito varios libros, incluyendo "Contemporary U.S.-Latin American Relations: Cooperation or Conflict in the 21st Century?" y "The United States and Mexico: Between Partnership and Conflict" junto con Jorge Domínguez.
También trabajó como director del proyecto del Informe sobre Desarrollo Humano del PNUD para América Latina 2013-14, "La seguridad ciudadana con rostro humano: Evidencias y propuestas para América Latina". Es fundador y editor de Foreign Affairs Latinoamérica y contribuye al periódico diario El Financiero, además de ser colaborador regular en Televisa.
Su investigación actual incluye un libro sobre liderazgo y toma de decisiones en la política exterior mexicana, y se desempeña como investigador principal junto con la profesora Jenny Pearce de la London School of Economics en el proyecto "Co-constructing Security Provision in Mexico: A Methodology and Action Plan from Communities to the State". El proyecto, financiado por el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología de México y el Consejo de Investigación Económica y Social del Reino Unido, trabaja con actores comunitarios, de la sociedad civil y del Estado para construir entendimientos compartidos sobre los impactos diferenciales de la violencia, la inseguridad y la provisión de seguridad, con el fin de desarrollar agendas de seguridad locales construidas desde las bases en cuatro ciudades gravemente afectadas por la violencia: Tijuana, Apatzingán, Acapulco y Guadalupe.