Mario Alberto Yepes es recordado como el Capitán de la Selección Colombia durante las eliminatorias y el Mundial de Brasil 2014 (junto con las grandes estrellas como Falcao, James, Cuadrado, Ospina y Armero, entre muchos otros).
Durante su carrera como jugador, portó la camiseta de nueve equipos (dos en Colombia, dos en Argentina, dos en Francia, tres en Italia), quedando en la memoria de los hinchas como el segundo futbolista con más actuaciones en el equipo nacional, 102 después de Carlos el ‘Pibe’ Valderrama.
En un principio jugó para el Cortuluá, un equipo de la segunda división del fútbol colombiano donde se desempeñaba como delantero. Un director técnico le dijo que aprovechando su altura, 1.86 metros, podría ser un excelente defensor ofensivo y, haciendo caso a este consejo, desplegó todo su talento. En 1995, con poco tiempo de jugar profesionalmente, pasó al equipo Deportivo Cali, y junto a este debutó en la primera divi-sión del fútbol colombiano.
Para el año 1998, consiguió el campeonato nacional y posteriormente un subcampeonato en la Copa Libertadores de América de 1999. Durante el transcurso de este torneo, los directivos del equipo River Plate se interesaron por el modo de juego agresivo de Yepes, por lo que a finales de ese año su pase fue vendido a este equipo.
Desde fines del ’99 y hasta el 2002, desplegó sus habilidades junto a algunos de los mejores jugadores del River. En el año 2001 fue seleccionado junto a Juan Pablo Ángel para formar parte del equipo titular de la selección de Colombia que ganó la Copa América.
En el 2002 su pase fue vendido al FC Nantes de Francia, donde gracias a su estilo de juego agresivo se destacó como uno de los mejores defensores de la primera división de Francia. Gracias a su excelente desempeño los directivos del París Saint Germain deci-dieron incluirlo en su formación a penas terminó su contrato en el 2004.
Desde ese momento Yepes juega para el equipo francés, siendo un favorito desde que el equipo consiguió en el 2006 la Copa de Francia. Luego pasó a Italia, primero al Chievo Verona y posteriormente al Milán donde logró un título de la Liga y una Supercopa de Italia. En Europa su último equipo fue Atalanta y después regresó a Argentina y vistió la camiseta de San Lorenzo.
En su faceta como jugador ganó siete títulos con los clubes y la Copa América del 2001 con la ‘tricolor’. En los países en los que estuvo se ganó el respeto y la admiración de los hinchas, así como la confianza de sus compañeros, tanto que a la par que escribía su historia con varios clubes ganaba minutos con la Selección, hasta el 2014 cuando cerró un ciclo como él quería en un Mundial.
El 13 de mayo de 2014 fue incluido por el entrenador José Pekerman en la lista preliminar de 30 jugadores con miras a la Copa Mundial de Fútbol de 2014 y finalmente fue selec-cionado en la nómina definitiva de 23 jugadores. Fue el capitán de Colombia en el mundial de Brasil donde su selección cayó 2-1 ante el local en los cuartos de final, luego de haber superado a Uruguay por 2-0 en los octavos de final.
Después de participar en el Mundial de Brasil 2014 jugó en Argentina con el San Lorenzo, hasta su retiro en Noviembre de 2015, a los 40 años de edad. Regresó a Colombia para dirigir el Deportivo Cali, el equipo que lo vio nacer como jugador profesional.