Juan Esteban Constaín nació en Popayán, Colombia. En 2004 publicó con Seix Barral su primer libro de ficción, Los Mártires. Tres años después publicó su primera novela, El naufragio del Imperio. En 2010 dio a conocer ¡Calcio!, obra con la que obtuvo el Premio Espartaco de Novela Histórica de la Semana Negra de Gijón, en España, y que fue traducida al italiano por Marco Tropea y al polaco por Rebis. En 2014 publicó El hombre que no fue Jueves, ganadora del Premio Biblioteca de Narrativa Colombiana de EAFIT y traducida al italiano por Fazi.
En 2018 presentó el libro de ensayos Ningún tiempo es pasado, y en 2019 la biografía Álvaro: su vida y su siglo, ambos editados por Penguin Random House. Su publicación más reciente es la novela Cartas abiertas (2022).
Reside entre Bogotá y Berlín y es padre de tres hijas: María, Manuela y Miranda. Es columnista del periódico El Tiempo, dirige y conduce en Blu Radio el programa y pódcast Calamares en su tinta, y es miembro de la Academia Colombiana de la Lengua.