Como Ministra de Educación y Ministra de Relaciones Exteriores, María Emma Mejía se ganó el respeto de los colombianos como una de las más importantes funcionarias publicas del país.
María Emma formó parte del equipo de comunicaciones del difunto líder político colombiano Luis Carlos Galán, y tras su asesinato en 1989 asumió la secretaría de la campaña presidencial de César Gaviria. Con la elección de Gaviria como Presidente de la Republica de Colombia, María Emma asumió la Consejería Presidencial de Seguridad de Medellín entre 1990 y 1993.
Durante su gestión se dedicó implementar planes de recuperación y reinserción social para los jóvenes de las comunas más afectadas por el Cartel de Medellín. Fue nombrada Embajadora de Colombia ante España en 1993, y en 1995 regresó al país para ocupar el cargo de Ministra de Educación durante el gobierno de Ernesto Samper. Fue nombrada Ministra de Relaciones Exteriores en 1996, cargo que desempeñó hasta 1998.
Desde 2003 preside la Fundación Pies Descalzos, dedicada a brindar oportunidades educativas a niños y niñas desplazadas por la violencia. Es miembro de las juntas directivas de Barefoot Foundation y Alas, miembro de Amigos de la Carta Democrática Interamericana, y periodista del programa El Radar de Caracol Televisión.
