Francisco Maturana dirigió la selección colombiana de fútbol en dos campeonatos mundiales, llevando al equipo a una victoria histórica ante Argentina en las eliminatorias al mundial de 1994.
Como jugador, Francisco Maturana se destacó como defensor en los clubes Atlético Nacional, Atlético Bucaramanga y Deportes Tolima, participando de seis partidos internacionales en las eliminatorias al mundial de 1982. En 1986 debutó como director técnico del Once Caldas, clasificando a la ronda final del campeonato nacional.
En 1987 dirigió por primera vez a la selección colombiana en la Copa América, logrando el tercer lugar al derrotar a Argentina como visitante. En 1989 dirigió el Atlético Nacional en la Copa Libertadores, logrando por primera vez la victoria para un equipo colombiano.
Tras 28 años de ausencia en un mundial de fútbol, la selección nacional clasificó por primera vez a la segunda ronda del campeonato al vencer a Emiratos Árabes en Italia 1990 - la primera victoria de Colombia en un mundial.
Tras una breve estadía en el Real Valladolid de España, regresó a Colombia en 1992 para dirigir el América de Cali, logrando el título de campeón nacional, y nuevamente en la dirección de la selección nacional, logrando el tercer lugar en la Copa América al vencer a Ecuador como visitante.
En 1993 la selección nacional clasificó por segunda vez consecutiva al mundial de fútbol tras derrotar en dos ocasiones a la selección argentina, la segunda con un resultado de cinco a cero como visitante, parte de un invicto de 27 partidos que desató una euforia internacional a punto de catalogar a la selección colombiana como favorita en el mundial.
En 1995 dirigió la selección ecuatoriana en la Copa América y en las eliminatorias a Francia '98, convirtiéndose en el primer colombiano en dirigir una selección extranjera. En 2001 dirigió nuevamente la selección nacional, esta vez conquistando la Copa América al derrotar a México.
Entre 2001 y 2012 se desempeñó como miembro del comité de estudios técnicos de la FIFA, y en 2013 fue nombrado miembro de la comisión de futbol de la organización.